Реализација иницијативе Скупштине општине Чачак и Универзитета у Крагујевцу да се у регији Западне Србије формира високошколска установа пољопривредног усмерења започела је образовањем Матичне комисије на Универзитету у Крагујевцу 7. априла 1977. године. За председника Комисије именован је проф. др Милан Деспотовић, проректор Универзитета у Крагујевцу. У одлуци о формирању Матичне комисије назначени су послови које треба да обави: израда Елабората о друштвеној и економској оправданости оснивања Агрономског факултета, доношење Наставног плана, расписивање конкурса и пријем наставника, расписивање конкурса за упис студената на прву годину студија.
На својој VII седници одржаној 8. октобра 1978. године Матична комисија је донела одлуку да факултет почне са радом 9. октобра. На свечаности поводом почетка рада уручено је Решење Републичког секретаријата за образовање, науку и културу, број 02-2161/78, којим је утврђено да су испуњени сви услови за почетак рада Агрономског факултета у Чачку. Тиме је идеја оснивања високошколске установеса циљем школовања кадрова који ће стећи знања неопходна за пољопривредну производњу у брдско-планинским крајевима, где доминира уситњен земљишни посед и разноврсна пољопривредна производња била реализована.
У току школске 1978/79. године извршен је пријем наставника по расписаном конкурсу, а Одлуком Савета у оснивању преузети су наставници, сарадници и ненаставно особље Више пољопривредне школе. У складу са Статутом Факултета конституисан је Савет Агрономског факултета, који је на својој трећој седници изабрао проф. др Рада Ђорђевића за првог декана.
Агрономски факултет је почео са радом у скромним условимау згради Више пољопривредне школе.У згради је, поред Агрономског факултета, радио Педагошко-технички факултет и Виша техничка школа. Завршетком зграде Педагошко-техничког факултета, Агрономски факултет је у постојећој згради добио простор површине 3 153,40 m2. Надзиђиванјем зграде у периоду 1987-1989 изграђена су 24 нова кабинета за наставнике, а касније је опремљена и свечана сала. Укидањем Основне заједнице науке региона Краљево, 1989. године, која је била смештена у анексу зграде, Факултет је добио нових 200 m2 простора. У овом делу зграде смештена је библиотека са читаоницом и неколико кабинета за наставнике и сараднике. Данас Факултет располаже са око 3341 m2 простора, који по обиму, уређености и функционалности потпуно задовољава.
Организациона структура Факултета се током времена мењалау функцији унапређења наставе и стварања оптималних услова за школовање стручњака способних за укључивање како у привредне, тако и у научне токове.
Школске 1999/2000. године основан је смер, Технологија пољопривредних и прехрамбених производа, а у школској 2002/2003. оснива се смер Менаџмент у пољопривреди, који је касније прерастао у Агроекономски смер.
Потрошачко друштво и трка за добијањем огромних количина јефтиних намирница довела је до нехумане примене научних сазнања у многим сферама човекове делатности. Свеопшта хемизација и генетички инжењеринг у примарној пољопривредној производњи, као и употреба адитива, конзерванса и антиоксиданата у прехрамбеној индустрији донели су проблем загађености воде, ваздуха и хране. Зато су захтеви тржишта све строжији, како у погледу квалитета, тако и у погледу амбалаже, дизајна итд. Стручна примена савремених агротехничких мера у примарној производњи и оптимизација процеса у погонима прехрамбене индустрије постају императив производње висококвалитетне хране и могу се обезбедити само активним учешћем високообразованих кадрова. Запослени на Агрономском факултету свесни су да је значај факултетског образовања сваким даном све већи. Зато се перманентним унапређењем студијских програма на свим нивоима, као и унапређење квалитета научно-истраживачког рада основна делатност Факултета непрекидно прилагођава савременим захтевима науке и праксе.
Корекцијама Наставних планова и формирањем нових студијских програма ускладу са Законом о високом образовању Републике Србије и принципима Болоњске декларације, унапређена је концепција студирања на Агрономском факултету. Данас се настава изводи на четири студијска програмана основним академским студијама: Општа агрономија, Прехрамбена технологија, Воћарство и виноградарство и Зоотехника. Развијена су два студијска програма на мастер академским студијама: Агрономија и Прехрамбена технологија и докторске студије Агрономије. Сви студијски програми су акредитовани 2008. године и поново акредитовани 2013. године.